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L'objectif du projet est de fournir une preuve de concept : peut-on utiliser un système de reconnaissance d'images pour aider au diagnostic de noyade ?
Problématique clinique : accélérer et simplifier le travail du technicien
Problématique technique : automatiser le processus de reconnaissance des diatomées
Lien vers notre rapport final
Lien vers la vidéo
Groupe :
- Charlotte Bouquerel (responsable, charlotte.bouquerel@etu.unistra.fr)
- Damien Kirk (kirk@etu.unistra.fr)
- Léa Künle (lea.kunle@etu.unistra.fr)
- Lilyan Leblanc (lilyan.leblanc@etu.unistra.fr)
Tuteur :
- Bernard Bayle (Professeur à Télécom Physique Strasbourg.)
Clients :
- Jean-Sebastien Raul (Professeur, Faculté de Médecine, Institut de Médecine Légale)
- Evelyne Jehl(Technicienne, Institut de Médecine Légale)
Encadrant :
- Nicolas Padoy (Enseignant chercheur, Laboratoire iCube)
Présentation
Le diagnostic de noyade se fait par la détection de diatomées.
Ces diatomées sont des organismes unicellulaires qui résistent à la putréfaction et qui se retrouvent ainsi dans les tissus après le décès.
L'outil premier de notre projet est un grand nombre d'images de diatomées, (qui constituera notre base de données) récupérées à l'Institut de Médecine Légale de Strasbourg.
Le but du projet est d'utiliser cette base de données pour constituer un modèle permettant ensuite au logiciel de reconnaître une diatomée dans une image qu'on lui fournit.
Le projet devra répondre à un cahier des charges dont l'un des points clés est la fiabilité : des faux négatifs sont inacceptables au vu de l'utilisation des données dans un cadre juridique.
Etapes du projet
- Annotation des images à l'aide de imgAnnotation
- Ecriture d'un Script de conversion explication_script_parsing_v2.docx
- Etude du Deformable Part Models : lire les codes, étudier son architecture afin d'en comprendre le fonctionnement
- Utilisation du Deformable Part Models afin d'entraîner le modèle (Résultats du premier apprentissage,deuxième apprentissage,troisième apprentissage) puis de faire des premières détections
- Ecriture d'un Script de pilotage en MATLAB
- Ecriture d'une interface graphiqueen MATLAB
- Vers une suite du projet : Etude de terrain sur les microscopes automatiques
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