Chef de projet : Hélène Moulet
La biologie synthétique est une science dont le but est de tendre vers l'assemblage d'éléments du vivant, c'est un peu comme des Lego:
Notre projet a consisté en la réalisation d’un simulateur informatique qui permet d’obtenir des modèles correspondant aux Biobricks sous forme d’équations de comportement de particules se déplaçant et réagissant entre elles dans une cellule.
Le nom du simulateur: Smarties, découle de notre choix de modélisation de la cellule (voir III/ )
Possibilité de modéliser un grand nombre de réactions et d’enregistrer les fichiers de résultats de manière automatisée.
Modélisation de la cellule sous forme de grille contenant :
Exemples : On a codé deux réactions, les complexations (réaction de type nA+mB+pC=AnBmCp… et la synthèse de protéines.
A partir de l’interface graphique, on obtient des courbes de résultats:
A l’aide de logiciels de régression on obtient des équations de comportement. On peut ainsi:
On peut aller plus loin, récupérer les données de nombreuses simulations (à partir de tableaux de données fournis par le programme) et analyser ce qu’on veut:
à gauche: approximation par une somme de deux exponentielles des coefficients de réaction des trois complexations en fonction de probabilités de réaction et d’anti-réaction.
en bas: étude du bruit dû à la probabilité d’anti-réaction dans une réaction A+B=AB.
Ce projet sera repris par un autre groupe (n°7 généralistes) dans le cadre de sa participation au concours IGEM.